Pelabuhan Pekanbaru terletak dipinggiran sugai Siak, dengan jarak pemanduan kapal dari pelabuhan ke muara sungai Siak lebih kurang 96 Mil. Untuk Hidrografi, disisi lain struktur dari Pelabuhan Pekanbaru dan sekitarnya di wilayah Kotamadya dan aliran sungai pada umumya terdiri dari jenis Áhvial (lumpur) dengan pasir, sedangkan pada bagian pinggiran kota pada umumnya terdiri dari tanah orgosonal dan lumpur yang merupakan rawa-rawa yang bersifat asam serta korosif terhadap besi.