Pelabuhan Larantuka merupakan pelabuhan pelayaran antarpulau Pelabuhan Larantuka juga menjadi tempat persinggahan dan bongkar muat barang dan pengangkutan penumpang kapal-kapal besar yang biasa melayani transportasi laut di Indonesia. Pelabuhan Larantuka ini sangat penting karena justru dialah yang menjadi gerbang masuk ke sejumlah wisata alam di Flores Timur. Letak pelabuhan ini berada di pusat kota Larantuka, di tengah kota, maka akses ke pelabuhan ini juga cukup mudah.