Sejarah singkat pelabuhan Fakfak, sebelum tahun 1991 dikelola oleh BPP. Setelah tahun 1991 berdasrkan PP. NO 59 Tahun 1991 dialihkan pengelolaanya PT. Pelindo IV ( Persero ) . Sebelum Tahun tahun 1994 panjang dermaga 50 Meter. Pada tahun 1994 diperpanjang menjadi 100 Meter. Tahun 2007 dilakukan pembangunan tambahan untuk memperpanjang dermaga sepanjang 100 meter dengan ukuran 100 meter x 20 meter . Tahun 2012/2013 dilakukan pembangunan dermaga baru dengan ukuran 70 meter X 20 meter dan penambahan pembangunan dermaga tahun 2014 berukuran 24 meter x 20 meter hingga total ukuran dermaga baru 94 meter x 20 meter yang pembangunannya terpisah 10 meter dari dermaga yang telah diusahakan PT. Pelindo IV ( Persero ) Cabang Fakfak